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水体富营养化过程中**重要的环节为藻类组成结构和数量变化，即藻类优势种类演变为适合在富营养水体中生长和竞争的种类，藻类丰度和生物量明显增加。作为食物链上的重要一环，藻类结构和数量对水环境和藻类的消费者均可能产生重要影响，如藻类水华导致水体缺氧、产生异味及鱼类死亡等，某些产毒藻类还能间接或直接危害人类的健康和生命安全。与传统的水质监测相比，淡水藻类监测结果能够综合准确地反映水环境质量状况和淡水生态系统本身的健康水平。
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