咽部包括鼻咽、口咽、咽部，3个粘膜相连，均属于上呼吸道领域。 鼻咽拭子和口咽拭子的采样途径不同，口服采样为口咽拭子，鼻采样为鼻咽拭子。 但是，口咽拭子由于只需要张开嘴就可以操作，因此比较简单，在临床上比较常用，但取样者暴露的风险更高。

PCR检测可以采集患者鼻咽拭子、痰和其他下呼吸道分泌物、血液、粪便等标本进行检测，对核酸进行检测，如果其标本核酸呈阳性，则可以明确病毒。

大多数呼吸道病毒主要在后鼻咽部的纤毛柱状上皮细胞部位复制，前鼻孔和口咽部纤毛上皮细胞，也是多数病毒复制的部位。

  因此，咽拭子的采集方式通常包括鼻咽拭子与口咽拭子，并且鼻咽拭子的病原检出率较口咽拭子高(但是这是基于能够正确规范进行鼻咽拭子采集的前提上)，所以一般多推荐进行鼻咽拭子采集。

 鼻咽拭子采集标本可以进行抗原、核酸或细菌培养(如百日咳)检测，但是由于鼻咽拭子采集要求高于口咽拭子，临床上实际上并未予以重视。

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