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上海一体化迈杰转化医学NGS平台口碑推荐 欢迎咨询 迈杰转化医学供应

信息介绍 / Information introduction

    二,上海一体化迈杰转化医学NGS平台口碑推荐、一代测序简介1、发生和发展***代测序技术是Sanger于20世纪70年代中末期发明的双脱氧链终止测序法,手动测序,用同位素标记,Sanger也因此获得其第2个诺贝尔奖(在Sanger发明双脱氧链终止测序法前WalterGilbert发明化学降解法测定DNA序列);80年代出现***台自动化测序设备,荧光标记代替同位素,计算机图像识别;90年代中期测序仪重大改进,毛细管电泳替代凝胶电泳;2003年完成人类基因组测序工作。2,上海一体化迈杰转化医学NGS平台口碑推荐、基本原理以单条DNA链为模板合成互补链,在DNA复制过程中,合成原料(2’脱氧核苷酸dNTP)中掺入标记过的2’3’ddNTP(双脱氧链终止测序法由此而来),就会产生一系列末端终止的DNA链,并能通过电泳按长度分辨。不同末端终止DNA链的长度是由掺入到新合成链上随机位置的ddNTP决定的。经PCR扩增反应,可以得到一系列长度不同的产物,上海一体化迈杰转化医学NGS平台口碑推荐,由于ddNTP带有荧光标记,对产物进行电泳分离,并用相应的仪器进行检测,就可以读出模板的序列。链终止法反应的**仍是PCR法。作者:心平气和链接:源:知乎著作权归作者所有。商业转载请联系作者获得授权,非商业转载请注明出处。 迈杰转化医学利用数字PCR进行低丰度突变研究等;提供循环肿l瘤DNA检测,可检测EGFR、ERBB2等Biomarker。上海一体化迈杰转化医学NGS平台口碑推荐

    三代测序简介1、HelicoBioScience2008年4月,HelicoBioScience报道了单分子测序技术,读取单分子荧光的能力,是***家商业化单分子测序技术的公司,但仪器过于较贵,数据质量较差,于2010年停止运营。2、PacificBiosciences单分子实时技术(singlemoleculerealtime,SMRT)利用单分子技术和DNA聚合酶,在聚合反应的同时就可以读取测序产物,在测序速度、读长和成本方面有着巨大的优势和潜力,但目前读取速度偏低。以对单分子DNA进行非PCR测序为主要特征(二代测序平台基于PCR扩增的信号放大过程),长读长,实时,单分子等,但三代测序基于单分子酶学或者单分子电学,信号容易丢失,通量不高,单碱基的测序成本也居高不下。目前主要有RSII和sequel两款测序仪。3、纳米孔测序OxfordNanopore:纳米孔测序的原理可以简单地描述为:单个碱基通过纳米尺度的通道时,会引起通道电学性质的变化。理论上,A、C、G、T四种不同的碱基由于化学性质的差异,它们穿越纳米孔时引起的电学参数变化量也有差异,检测这些变化量,即可得到相应碱基的类型。 北京抗体全迈杰转化医学NGS平台共同合作迈杰转化医学严格按照IS013485标准规定建立质量体系。

    本发明涉及生物技术领域,特别涉及二代测序文库构建技术。背景技术:二代测序由于其超高的测序能力在科研和临床中具有极为重要的应用。二代测序技术也称深度测序、大规模平行测序,**思想是边合成边测序(SequencingbySynthesis),即通过捕捉新合成的末端的标记来确定DNA的序列,现有的技术平台主要有Roche/454FLX、Illumina/SolexaGenomeAnalyzer和AppliedBiosystemsSOLIDsystem。这三个技术平台各有优点,454FLX的测序片段比较长,高质量的读长能达到400bp;Solexa测序性价比**高,不*机器的售价比其他两种低,而且运行成本也低,在数据量相同的情况下,成本只有454测序的1/10;SOLID测序的准确度高,原始碱基数据的准确度大于%,而在15×覆盖率时的准确度可以达到%。Illumina/SolexaGenomeAnalyzer测序的基本原理是边合成变测序。在Sanger等测序方法的基础上,通过技术创新,用不同颜色的荧光标记四种不同的dNTP,当DNA聚合酶合成互补链时,每添加一种dNTP就会释放出不同的荧光,根据捕捉的荧光信号并经过特定的计算机软件处理,从而获得待测DNA的序列信息。二代测序的一般流程如下:1)文库制备,将DNA用雾化或超声波随机片段化成几百碱基或更短的小片段。

    包括67个y-str基因座和1个性别决定基因座amelogenin)。相比于illumina公司的forenseqtmdnasignatureprepkit,本发明提供的试剂盒中包含41个新的y-str基因座,能提供更多新的遗传信息。而且本发明提供的复合扩增体系中所有y-str基因座的**大扩增子长度都小于300bp,而forenseqtmdnasignatureprepkit中有约%(7/24)基因座的**大扩增子长度大于300bp,不利于降解检材的分析。本发明提供的试剂盒是本发明的发明人经过大量实验摸索获得的,试剂盒中的引物具有不可替换性;即引物被替换后,部分基因座将会被抑制且抑制效果不可预知。实验证明,采用本发明提供的试剂盒检测标准品2800m中68个基因座的str分型,分型结果准确。本发明具有重要的应用价值。附图说明图1为67个y-str基因座的pcr扩增产物的长度范围分布。具体实施方式以下的实施例便于更好地理解本发明,但并不限定本发明。下述实施例中的实验方法,如无特殊说明,均为常规方法。下述实施例中所用的试验材料,如无特殊说明,均为自常规生化试剂商店购买得到的。以下实施例中的定量试验,均设置三次重复实验,结果取平均值。标准品2800m为promega公司的产品,产品目录号为dd7251。 迈杰转化医学希望能和创新型药企共同探索创新生物标志物的临床应用潜力。

    实施例3、实施例1制备的试剂盒的准确性验证1、取1ng标准品2800m、样本一、样本二或样本三(见实施例2中步骤二),按照yfilerpluspcramplifcationkit(thermofisherscientific)的说明书步骤进行毛细管电泳检测,得到各个基因座的等位基因基因型。分型结果见表4。表4注:m为毛细管电泳检测技术的分型结果,e为二代测序技术的分型结果。2、按照实施例2中步骤一的方法检测标准品2800m、样本一、样本二或样本三,得到各个基因座的等位基因基因型。分型结果见表4。结果表明,实施例1制备的试剂盒与yfilerpluspcramplifcationkit重合的基因座,在标准品2800m、样本一、样本二和样本三中的分型结果完全一致。实施例4、实施例1制备的试剂盒中引物具有不可替换性实施例1制备的试剂盒是本发明的发明人经过大量实验获得的,主要包括扩增各个基因座引物的反复调试和引物浓度的摸索。由于复合的基因座数目较多,引物间相互抑制情况复杂,所以试剂盒中用于扩增各个基因座的引物不可替换。1、设计并合成表5中第2列所示的、用于扩增65个str基因座的引物,然后混合,获得引物混合物1。设计并合成表5中第4列所示的、用于扩增66个str基因座的引物,然后混合,获得引物混合物2。迈杰转化医学病理检测平台配备有Roche/Leica/Dako等多种全自动检测仪器,有病理医生进行精确的判读。广东个性化迈杰转化医学NGS平台经验丰富

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