thermofisherscientific)等。研究发现，基于pcr-ce分型时，相同片段长度的等位基因中存在重复区域序列结构不一致的情况。二代测序技术(secondgenerationsequencing，sgs)又称为下一代测序技术(nextgenerationsequencing，ngs)，具有测序通量高、速度快的优点。ngs不仅能从长度多态性上对str基因座进行分析，还能从序列上发掘str基因座的遗传多态性。随着ngs测序成本越来越低，天津专注迈杰转化医学NGS平台来电咨询、测序读长逐渐的增加，ngs对str分型技术也越来越成熟。近年来，天津专注迈杰转化医学NGS平台来电咨询，ngs技术已经应用于法医学str分型研究。相比于pcr-ce分型，ngs技术在y-str基因座的分析中具有很多优势：1、样本输入量低，使得微量样本及降解样本检材的分型研究变为可能；2、准确性高，能够全部覆盖基因座的每个碱基并通过产出高测序深度保证y-str基因座各等位基因的高概率精确判断的严谨性；3、能够获得y-str等位基因间的核苷酸差异信息，由于**重复结构存在差异或扩增区段内存在变异(侧翼序列的碱基突变或插入缺失)，天津专注迈杰转化医学NGS平台来电咨询，序列长度相等的等位基因可能是具有遗传稳定性的完全不同的等位基因，这种y-str序列多态性是个体识别分析的宝贵资源；4、成本低，通过对每个样本检材添加标签一次可以同时对多个样本进行平行测序。 方法简单易行，医保覆盖，适于临床推广。天津专注迈杰转化医学NGS平台来电咨询

    下游的引物IP用于第二轮多重PCR。具体的建库过程是：步骤1，将样本DNA进行片段化处理，随后每个片段两端加上特殊的接头；步骤2，加入***轮扩增的上游引物混合池，与特殊接头互补的通用引物，配制成PCR总体系，进行***轮扩增；步骤3，将***轮PCR产物纯化后，加入第二轮扩增的下游引物混合池，与第二步中使用过的特殊接头互补的通用引物配制成PCR总体系，进行第二轮扩增；步骤4，将第二轮PCR产物纯化后，配置反应总体系，进行Q-PCR定量，稀释到合适的浓度，即可用于二代测序。上述技术方案中，作为推荐，步骤2中，***轮特异性引物是普通的PCR扩增引物，共20个左右的碱基，Tm值设定在60℃，序列根据目标区域设计得到，多个引物混成一个OP引物池做为***轮PCR的上游引物。PCR总体系为：2倍PCRMix35uL，10umol/LP71uL，1umol/LOP1uL或OP2uL，DNA25uL。上述技术方案中，作为推荐，步骤3中，第二轮特异性引物是普通的PCR扩增引物，在其5’端加上测序接头5’-AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-3’共80个左右的碱基，其中根据目标区域设计得到的序列长度是20个碱基左右，Tm值设定在60℃，多个引物混成一个IP引物池做为第二轮PCR的上游引物。北京专业迈杰转化医学NGS平台诚信合作迈杰转化医学拥有丰富的伴随诊断开发经验，高质量的管理体系和高素质的研发团队。

2015年一项针对4853例各类实体瘤NGS研究表明，FGFR的功能异常发生于7.1%的**样本中，其中基因扩增、基因突变以及染色体重排分别占比为66%、26%及8%，FGFR1、FGFR2、FGFR3及FGFR4在发病患者中占比为3.5%、1.5%、2.0%及0.5%。发生率较高的**有尿路上皮*、胆管*、乳腺*、子宫内膜*、鳞状上皮*等，同时，在肺*、肝*等**中也发现了FGFR的异常***（图3）。图3各类实体瘤中FGFR突变频率[1]04FGFR抑制剂研究现状FGFR抑制剂有望成为泛*种靶向***的新选择，所以FGFR靶点在**领域受关注度极高，目前国内多家药企布局FGFR靶向疗法的研究开发（表2）。表2中国的FGFR抑制剂研发现状05FGFR抑制剂生物标志物研究FGFR抑制剂获批和在研药物，以及相应的临床试验生物标志物研究总结如表3。表3FGFR抑制剂及临床试验生物标志物[7-9]检测FGFR基因变异包括融合、重排、扩增和点突变以及其配体的过表达等，涉及DNA、RNA和蛋白质表达等多个生物学层面，检测方法主要有NGS，qPCR，FISH，IHC以及RNAscope等（表4）。

    其中扩增dys19、dys388、dys389i、dys389ii、dys392、dys449、dys459a/b、dys485、dys504、dys531、dys626和dys627的引物不同。表52、取标准品2800m，用超纯水稀释，获得浓度为1ng/μl的标准品2800m水溶液。3、以标准品2800m水溶液为模板，分别采用引物混合物1和引物混合物2进行pcr扩增，得到pcr扩增产物。每条引物在反应体系的浓度均为μm。4、同实施例2步骤一中3。5、同实施例2步骤一中4。6、同实施例2步骤一中5。检测结果见表6。结果表明，实施例1制备的试剂盒中的引物被替换后，部分基因座被抑制且引物混合物1和引物混合物2的抑制情况不同。表6注：n与其后数字表示一段碱基序列，其后数字表示序列的碱基数目；“-”表示未获得基因型。上述结果表明，实施例1制备的试剂盒中引物具有不可替换性，本发明的发明人经过大量实验摸索，才获得了试剂盒中的引物组合及引物浓度。 迈杰转化医学有多年的药企服务经验，紧跟药物研发趋势，熟悉新药研发动向。

    染色体STR不属于测序技术的，它是一类分子检测技术，例如Y染色体-STR，一般通过PCR、电泳凝胶结合来分析这段串联重复序列的存在或者多态性，常用来检测性别或亲子鉴定，而不能测出具体的DNA序列信息。测序技术是一代测序（sanger测序）、二代测序（高通量测序）、三代测序（单分子测序）为基础的。二代测序的缺点主要是由其PCR边复制边读取的原理决定的，测序时间长，读长短，末端质量差。三代测序中PacBio实际上就是针对这些缺点的升级，通过巧妙的微孔设计实现单分子读取，而且可以屏蔽游离dNTP的信号，不用每读取一次就要清洗—添加一次dNTP，所以读长比较长，测序速度快。就是样本—提DNA—打成小片段，然后就开始PCR啊末端修复啊加A啊片段选择啊一系列，***得到片段大小为300-500bp的DNA，ok文库搞定。虽然这行真的干的烦死了，不过离开了真的很想念。 迈杰转化医学希望能和创新型药企共同探索创新生物标志物的临床应用潜力。上海提供迈杰转化医学NGS平台郑重承诺

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    67个y-str基因座分别为：dys19、dys385a/b、dyf387s1a/b、dys388、dys389-i、dys389-ii、dys390、dys391、dys392、dys393、dyf399s1、dyf404s1a/b、dys437、dys438、dys439、dys443、dys444、dys446、dys447、dys448、dys449、dys456、dys458、dys459a/b、dys460、dys481、dys485、dys504、dys505、dys508、dys510、dys518、dys520、dys522、dys527a/b、dys531、dys533、dys549、dys552、dys557、dys570、dys576、dys587、dys593、dys596、dys612、dys617、dys622、dys626、dys627、dys630、dys635、dys641、dys643、dys644、dys645、dys710、dys720、y-gata-a10、y-gata-h4；其中，dys385a/b、dyf387s1a/b、dyf404s1a/b、dys459a/b、dys527a/b分别包含两个分型片段，dyf399s1包含三个分型片段。二、引物组合的制备1、人工设计并合成用于扩增每个基因座的引物(要求扩增长度**好300bp以下)，然后进行pcr扩增，获得每个基因座的特异性扩增产物。2、综合单个基因座的扩增条件，选择适宜扩增程序，进行复合扩增。由于复合的基因座数目较多，引物间相互抑制情况复杂，所以需要一一排除，找出这些基因座，重新设计并合成引物。此外，不同基因座的引物之间还会形成引物二聚体。 天津专注迈杰转化医学NGS平台来电咨询

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