67个y-str基因座分别为：dys19、dys385a/b、dyf387s1a/b、dys388、dys389-i、dys389-ii、dys390、dys391、dys392、dys393、dyf399s1、dyf404s1a/b、dys437、dys438、dys439、dys443、dys444、dys446、dys447、dys448、dys449、dys456、dys458、dys459a/b、dys460、dys481、dys485、dys504、dys505、dys508、dys510、dys518、dys520、dys522、dys527a/b、dys531、dys533、dys549、dys552、dys557、dys570、dys576、dys587、dys593、dys596、dys612、dys617、dys622、dys626、dys627、dys630、dys635、dys641、dys643、dys644、dys645、dys710、dys720、y-gata-a10、y-gata-h4；其中，dys385a/b、dyf387s1a/b、dyf404s1a/b，安徽多基因联合检测迈杰转化医学NGS平台共同合作、dys459a/b、dys527a/b分别包含两个分型片段，dyf399s1包含三个分型片段。二、引物组合的制备1、人工设计并合成用于扩增每个基因座的引物(要求扩增长度**好300bp以下)，安徽多基因联合检测迈杰转化医学NGS平台共同合作，然后进行pcr扩增，获得每个基因座的特异性扩增产物。2，安徽多基因联合检测迈杰转化医学NGS平台共同合作、综合单个基因座的扩增条件，选择适宜扩增程序，进行复合扩增。由于复合的基因座数目较多，引物间相互抑制情况复杂，所以需要一一排除，找出这些基因座，重新设计并合成引物。此外，不同基因座的引物之间还会形成引物二聚体。 迈杰转化医学致力于解决创新药物的研发痛点及患者的用药痛点，助力精zhun医疗！安徽多基因联合检测迈杰转化医学NGS平台共同合作

    ***代测序技术常见问题及解决方法样品测序无信号此时测序完全失败，**可能的原因是待测样品出现了降解或引物失效，从而导致测序引物与待测样品无法结合。此时探索造成测序失败的具体原因并无实际意义，**快速、简便的办法是重新提供质量合格的引物和样品再次进行测序。样品测序信号差此种情况可能是引物或模板的质量不高或是引物和模板的匹配性不好引起的，但**有可能的原因是待测样品浓度偏低。待测样品浓度偏低可能是由于PCR效率较低，也可能是PCR与测序间隔时间过长，导致PCR产物降解。建议PCR完成后尽快进行测序，如果PCR产物浓度本身较低，可以使用PCR产物作为模板进行二次PCR，也可以对PCR产物进行克隆后，再进行测序。样品测序衰减可能是由于待测样品包含特殊的核酸结构，如重复序列、回文结构、发卡结构、GC富集区、AT富集区等。由于是样品本身结构问题，因此，无法通过优化测序反应解决，应从待测样品另一端进行反向测序，之后两端的测序结果拼接得到完整序列。样品测序中断此种情况是由于待测样品包含特殊高级结构，导致碱基无法与模板结合，DNA聚合酶无法继续延伸。此情况与样品测序衰减解决办法相同，均为从待测样品另一端进行反向测序。 安徽全平台迈杰转化医学NGS平台诚信合作迈杰转化医学建立了符合质量体系规定的覆盖全平台的伴随诊断产品研发实验室、质检实验室，拥有GSP证书。

    基于以上研究，迈杰转化医学可针对患者分层及各类研究指标提供FGFR抑制剂***中生物标志物研究的整体解决方案，包含：HumanComprehensivePanelMed1CDx；定制的panFGFxpanel；QIAGENtherascreen®FGFRRGQRT-PCRKit；RNAscope检测FGFR1/2/3/4mRNA表达；FISH（FGF19扩增）；IHC（FGF19表达）等（图4）。图4FGFR抑制剂相关的生物标志物整体解决方案➤➤方案1：Med1CDxNGSpanel(601基因)迈杰转化医学的Med1CDx综合panel包含原*基因、遗传性驱动基因、细胞周期基因和免疫/炎症相关基因等601个基因，可用于对TMB、MMR、MSI、免疫检查点分子、**新生抗原和HLA分型等***的分析。对于FGFR抑制剂研究，该panel除了能够检测FGFR基因的SNV/INDEL、基因重排和扩增等异常，也可以评估已知和探索新的耐药变异（图5）。图5Med1CDx基因分布➤➤方案2：定制panelpanFGFx（40基因）值得关注的是，迈杰转化医学针对FGFR抑制剂的研究研发了“小而精”的panFGFxpanel：FGFR1-4探针覆盖基因全部外显子，包括UTR区，覆盖**全，同时检测已知与未知SNV/InDel；针对融合检测，加入了已知融合伙伴的相关探针，提高已知融合检出率；如有新融合发现需求，可提供涵盖全部内含子区版本；针对拷贝数扩增检测。

    实施例3、实施例1制备的试剂盒的准确性验证1、取1ng标准品2800m、样本一、样本二或样本三(见实施例2中步骤二)，按照yfilerpluspcramplifcationkit(thermofisherscientific)的说明书步骤进行毛细管电泳检测，得到各个基因座的等位基因基因型。分型结果见表4。表4注：m为毛细管电泳检测技术的分型结果，e为二代测序技术的分型结果。2、按照实施例2中步骤一的方法检测标准品2800m、样本一、样本二或样本三，得到各个基因座的等位基因基因型。分型结果见表4。结果表明，实施例1制备的试剂盒与yfilerpluspcramplifcationkit重合的基因座，在标准品2800m、样本一、样本二和样本三中的分型结果完全一致。实施例4、实施例1制备的试剂盒中引物具有不可替换性实施例1制备的试剂盒是本发明的发明人经过大量实验获得的，主要包括扩增各个基因座引物的反复调试和引物浓度的摸索。由于复合的基因座数目较多，引物间相互抑制情况复杂，所以试剂盒中用于扩增各个基因座的引物不可替换。1、设计并合成表5中第2列所示的、用于扩增65个str基因座的引物，然后混合，获得引物混合物1。设计并合成表5中第4列所示的、用于扩增66个str基因座的引物，然后混合，获得引物混合物2。 迈杰基于基因组学、蛋白组学、细胞组学及病理组学等综合性转化医学平台，丰富的伴随诊断开发经验。

    反应体系为20μl，由10μl2×mastermix(德国qiagen公司)、1μl标准品2800m水溶液、引物混合物和无核酶水组成。该反应体系中，各个引物的浓度见表1中第5列。反应程序：95℃5min；95℃30s，60℃2min，72℃2min，28个循环；72℃5min；4℃保存。3、纯化和定量(1)取pcr扩增产物，按照pcrpurificationkit的说明书步骤进行纯化，得到pcr纯化产物。(2)将pcr纯化产物按照qubittmdsdnahsassaykit说明书，采用，得到pcr纯化产物的浓度。4、文库制备取pcr纯化产物，按照truseqdnapcr-freehtlibraryprepkit的说明书操作步骤依次进行末端修复、末端修复产物纯化、连接a-tail、连接adapter和连接产物的纯化，然后按照kapalibraryquantificationkit的说明书步骤进行文库定量及文库标准化，完成文库制备。5、上样测试取步骤4制备的文库，使用miseqreagentkitv3-600cycles测序试剂于miseqfgx二代测序仪上进行测序。6、数据分析测序结束后仪器自动生成fastq文件，使用。运行，在notepad中录入68个基因座基因配置文件。基因座基因配置文件如下：①基因座名称，②y，③正向引物后12个碱基，④反向引物前12个碱基的反向互补序列，⑤该基因座**序列的两个重复单元，⑥一个重复单元的碱基数。迈杰转化医学目前已完成约30+靶点的方法学验证，50+靶点的方法学建立。安徽多基因联合检测迈杰转化医学NGS平台共同合作

迈杰转化医学为客户提供生物标记物发现、 靶点验证、伴随诊断开发与商业化、患者用药指导等一体化解决方案。安徽多基因联合检测迈杰转化医学NGS平台共同合作

    商业转载请联系作者获得授权，非商业转载请注明出处。3、LifeTechnologiesSOLID：ABI于2007年底推出SOLID系统，之后不断升级至SOLID4。SOLID测序过程中以连接反应取代聚合反应。具体测序流程为：（1）文库制备：将基因组DNA打断，在其两头加上接头，构建成文库；（2）乳液PCR／磁珠富集。此过程与454测序技术类似；（3）微珠沉积；（4）连接测序；（5）数据分析。454测序、Solexa、Solid均是边合成边测序原理，454和Solid均有乳液PCR过程。IonTorrent:2007年454技术创始人罗森伯格创办IonTorrent。LifeTechnologies于2010年收购了IonTorrent，同年推出个人化基因组测序仪PGM。2012年推出IonProton测序仪。Proton更侧重人基因组、外显子组、全转录组测序。PGM测序仪的设计是基于半导体芯片技术，在半导体芯片的微孔中固定DNA链，随后依次掺入ACGT。随着每个碱基的掺入，释放出氢离子，在它们穿过每个孔底部时能被检测到。不需要激光、照相机或标记。现有平台:Solid3,Solid4(100G),IonPGM和IonProton。 安徽多基因联合检测迈杰转化医学NGS平台共同合作

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